Darulfunun dalam perjalanannya berevolusi dari waktu ke waktu, tetapi tidak menghilangkan fakta alaminya adalah wakaf yang bermula dari tanah persukuan kemudian dialihkan menjadi tanggung jawab nadzir dan kemudian dilegalkan sebagai aset wakaf. Pada saat ini pada umumnya, aset wakaf Darulfunun adalah berbentuk aset yang telah dilegalkan penuh sebagai aset penuh wakaf Darulfunun ataupun wakaf izin pakai yang diberikan masyarakat.

Pelembagaan Nadzir adalah meritokrasi, artinya bersandar pada amanah sesuai dengan salah satu contoh yang Nabi dan para sahabat menunjuk penerus amanah. Para nadzir merupakan zuriyat seperti yang diamanahkan oleh Syekh Abbas Abdullah dalam ikrar wakafnya. Nadzir bertindak sebagai wali amanah wakaf Darulfunun yang diteruskan oleh nadzir sebelumnya. Para nadzir membentuk pelembagaan pengelola amanah yang bentuknya dapat disesuaikan dengan waktu dan tantangan zamannya. Pelembagaan wakaf dan nadzir ini masih belum sepenuhnya dapat difasilitasi oleh hukum negara, sehingga pelembagaan nadzir selain mengikut hukum de jure juga mengikut de facto yang didasarkan dan berlindung kepada syariat Islam.

Nadzir Wakaf Darulfunun dari waktu ke waktu:

1. Syaikh Abdullah Datuk Jabok (1854-1903)
2. Syaikh M. Shalih Abdullah (1903-1912)
3. Syaikh Mustafa Abdullah (1912-1950)
4. Syaikh Abbas Abdullah Tuanku Imam (1912-1957)
5. Buya H. Fauzi Abbas, Lc. BA. (1950-1984)
6. Buya Dr. H. Afifi Fauzi Abbas, BA. Drs. MA. (1984-2021)
7. Tan Abdullah A Afifi, ST. MT. (2018-sekarang)