Sejarah Islam di Yokohama tak lepas dari kedatangan Muslimin di Jepang. Sedikit terlambat dengan negara-negara sekitarnya, Islam baru dikenal di Jepang pada abad ke-19.
Sejarah Islam di negeri sentra teknologi itu berawal ketika menjalin hubungan dengan emparium Islam terbesar, Turki Utsmani. Disebutkan oleh Direktur Islamic Center Jepang Prof Dr Shalih Mahdy al-Samarray dalam artikelnya “Islam di Jepang; Sejarah dan Perkembangannya”, pada masa awal kebangkitan Jepang pada 1868 atau disebut era Meiji, terdapat dua negara Asia yang merdeka dari Barat, yakni Jepang dan negara Islam Turki Utsmani. Alhasil, keduanya pun menjalin hubungan erat dan saling berkunjung.
Pada 1890, Sultan Abdul Hamid II mengirim armada dengan 600 awak untuk bertemu kaisar Jepang. Namun, di perjalanan pulang, armada tersebut karam terkena badai di kawasan Osaka. Sekitar 500 awak Turki meninggal, beberapa lain selamat dan kembali ke Istanbul dengan bantuan Jepang.
Setahun pascainsiden tersebut, seorang jurnalis, Osotara Noda, mengumpulkan sumbangan untuk diberikan kepada korban kapal di Turki. Pada 1891, ia pun pergi ke ibu kota Istanbul. Saat tinggal di sana, ia memeluk Islam dan mengganti namanya menjadi Abdul Halim Noda. Pada 1893, hal yang sama dilakukan Yamada. Ia pergi ke Istanbul untuk memberikan sumbangan korban kemudian jatuh cinta pada Islam saat tinggal di sana.
Namun, rupanya hubungan dengan Turki Utsmani tak banyak berperan dalam membentuk komunitas Muslim di Jepang. Hingga kemudian, para pedagang India dan Arab banyak menetap di kawasan Tokyo, Kobe, dan Yokohama. Di tiga kawasan itulah komunitas Islam pertama tumbuh di Jepang. Namun, hubungan dengan Turki masih terjalin.
Ketika komunitas Muslim telah tumbuh, seorang utusan Sultan Hamid II bernama Muhammad Ali berkunjung ke Yokohama pada 1902. Ia bahkan sempat berencana membangun masjid di Yokohama. Sayangnya, tak dapat terlaksana. Sejak itu, hubungan Timur Tengah dan Jepang pun terbuka lebar. Islam mulai tumbuh di Negeri Sakura. Tiga kota komunitas Muslim awal makin berkembang pesat dan makin bertambah banyak jumlah Muslimin.
Saat ini, jumlah Muslimin Yokohama pun terus bertambah. Bukan hanya karena adanya imigran, tapi juga banyaknya mualaf asli warga Jepang. Berbagai organisasi yang menaungi Muslimin pun bermunculan. Salah satunya, yakni Asosiasi Muslim Yokohama atau Yokohama Muslim Association (Yokoms). Berdiri sejak 1998, Yokoms telah banyak membantu Muslimin Yokohama, terutama para mahasiswa Muslim.